Dans le futur, quelque part sur une Terre en période glaciaire où seules subsistent les villes, les humains tentent de survivre. Alors que les Loups se sont éteints depuis deux cents ans, une légende persiste à dire qu'au jour de la fin du monde, ils verront le chemin qui mène au Paradis. Lorsque commence l'histoire, un énorme loup blanc, nommé Kiba, arrive dans une ville sous dôme. Dans le même temps, un groupe de voyous, dirigés par un certain Tsume tente de s'emparer des vivres et richesses qui transitent dans la ville. Hors de tout ce vacarme, les Nobles poursuivent leurs propres objectifs et semblent indifférents à ce monde en ruine.

Blessé, emprisonné, Kiba fera la rencontre de Tsume, Hige et Toboe, trois individus qui, comme lui, ont deux apparences. Selon leur volonté, ils peuvent apparaître comme des humains ou comme des loups. Dans ce monde du futur, la race des loups s'est adaptée pour pouvoir coexister avec les humains et a endossé leur apparence pour éviter d'être exterminée. Loin dans un laboratoire, une équipe de chercheurs observe une fille prisonnière d'une gigantesque sphère de verre, remplie d'eau. Au moment où Kiba arrive, pour la première fois, cette fille nommée Cheza montre une réaction. Elle est la fille-fleur de Lune, la clé pour ouvrir le paradis.

L'histoire commence lorsque Kiba, un loup blanc pénètre dans la ville de Freezz City et se fait emprisonner par les gardes de la fourrière, croyant avoir affaire à un chien. Au même moment, une jeune fille ouvre les yeux pour la première fois depuis deux siècles. Il s'agit de Cheza, une jeune fille créée à partir de la fusion des cellules d'une fleur de lune, grâce au pouvoir ancien de l'alchimie. Elle est l'une des derniers membres du Peuple des Hommes-fleurs, les Hanabito, ainsi que la clé du paradis originel des loups, le Rakuen. Cheza est actuellement aux mains de Lord Ooakum, un noble avide de pouvoir. Kiba réussit à se libérer grâce à l'aide de Hige, un autre loup, dissimulant sa véritable nature derrière une apparence humaine. Au même moment, Cheza est enlevée par Darcia le Troisième. Kiba quant à lui, s'allie à Tsume et Toboe, deux autres loups, et part à sa recherche, afin s'accomplir la prophétie le concernant.

Après la traversée d'un champ de mine abandonné et de North City, une ville où les loups sont exploités par les hommes comme de vulgaires chiens, ils arrivent à la ville flottante de Darcia, où, au même moment, Cher Degré, la médecin en charge de Cheza et son équipe de recherche, composée en majorité de soldats de Lord Oakum, sont à la recherche de la fille-fleur. Des flashback de Darcia nous montre entretemps la chute progressive de la ville, qui était, autrefois, sous le joug de son clan, quand, soudain, Cheza s'échappe de son vaisseau qui est attaqué par les troupes d'Oakum. Rapidement, les loups la repèrent et Kiba peut enfin contempler la personne qu'il a toujours aimé, depuis même sa naissance. Au même moment, Kent Yeden, un chasseurs de loups, retrouve ses cibles de prédilection et tente de les tuer, mais ceux-ci s'enfuient et vont se réfugier dans la Foret de la Mort, où, quelques heures auparavant, Cher, à la recherche de Cheza, est enlevée par Darcia Trois, qui revoit en elle le visage de sa fiancé, Harmona, maudite par le Rakuen et endormie artificiellement depuis près de deux siècles. La meute réussit finalement à s'en échapper malgré quelques difficultés, et peuvent assister à la pleine lune, le moment précis où le Rakuen est ouvert par la fleur de Lune. Au même moment, Oakum est prévenue par la Prophètesse des Nobles, Jaguara, que l'Apocalypse approche et que le soir même, il se pourrait que le Rakuen soit ouvert par les loups, mais alors, que le vieux noble tente de quitter Freez City pour partir à la recherche de Cheza en personne, il est assassiné par les soldats de Lady Jaguara.

L'inspecteur Hubb Lebowsky, l'ex-mari de Cher, est inquiet parce que cela fait des semaines qu'il n'a pas entendu parler de son ex-femme, et part à sa recherche, suivant les indications des médecins qui travaillaient avec elle. Cher, quant à elle, est séquestrée par Darcia, qui s'en va capturer Cheza et verser le sang des loups afin de préparer la jeune fille a ouvrir les portes du Rakuen. Blessés, la meute se réfugie en ville, et rencontre finalement Blue, la demi-louve et chienne de Quent. On apprend qu'après sa rencontre avec Cheza et sa blessure dû à des soldats qui l'auraient prise pour un loup, elle a pris conscience de sa différence, et à décider de les rejoindre. Ensemble, ils décident de partir au château des Darcia. Au même moment, Quent rencontre Hubb et tous les deux font route ensemble, jusqu'à ce que le policier retrouve Cher, errant dans les rues d'une ville, après avoir été endormie et abandonnée par Darcia Trois. Tous les trois décident également de rejoindre le Château des Darcia.